Στην δεύτερη φάση της διοργάνωσης θα αναμετρηθούν οι νικητές των άλλων δύο ζευγαριών (Ρεθυμνιακός – Γρανίτης με ΠΟΑ – ΑΟΑΝ).
Τα γκρουπ δυναμικότητας και οι όμιλοι θα γίνουν βάσει γεωγραφικών κριτηρίων ενώ είναι υποχρεωτική η παρουσία δύο ποδοσφαιριστών, στην βασική ενδεκάδα, που έχουν γεννηθεί από 1/1/2007.
Οι αγώνες είναι μονοί και αν δεν υπάρξει νικητής στην κανονική διάρκεια τότε θ’ ακολουθήσει η διαδικασία των πέναλτι.
Η πρώτη φάση θα ξεκινήσει 6/7 Σεπτεμβρίου, η δεύτερη μια εβδομάδα μετά ενώ κάποια παιχνίδια θα διεξαχθούν στις 17 Σεπτεμβρίου.
Αναλυτικά τα ζευγάρια των Κρητικών ομάδων:
Ρεθυμνιακός – Γρανίτης
Ν. Κισσαμικός – Γιούχτας –
ΠΟΑ – ΑΟΑΝ
Στην συνέχεια στην δεύτερη φάση προέκυψαν τα παρακάτω ζευγάρια:
Ρεθυμνιακός – Γρανίτης – ΠΟΑ – ΑΟΑΝ


Αριθμός Πιστοποίησης ΜΗΤ 242701